蒙古军仍然保持着有战事传檄集合平时散归各部的状态千户组织还是

蒙古军仍然保持着有战事传檄集合，平时散归各部的状态。千户组织还是蒙古军的基本组织形式。南宋灭亡后，参战的探马赤军除部分被编入侍卫亲军组织外，都被元廷收聚到山东、河南、陕西、四川军事要地屯驻。探马赤军人的家属也陆续从草原迁往中原驻地。从至元二十年（）开始，元廷陆续设置了山东河北、河南淮北、陕西、四川四个蒙古军都万户府，立司于濮州（今山东鄄城北）、洛阳、凤翔和成都，分掌探马赤军。四个都万户府所属探马赤军人的总人数，大约在万人至万人之间。

忽必烈即位之后，为发动灭宋战争，又从中原地区签军近万人，补充汉军。全国统一后，元廷将招降来的新附军（原南宋军队）与汉军混编在一起，掺入部分色目军人，分布在各行省戍守，设立了近百个万户府、元帅府分管这些军队。在一些少数民族聚居的地方，也编组了由当地民族人组成的军队，如辽东有高丽军、女直军，云南有寸白军（又称爨军），湖广有土军、黎兵、洞兵、福建有畲军，吐蕃地区有吐蕃军，等等。这些军队，主要被用来维系当地的安宁，由在当地设置的万户府、元帅府等机构兼管。

元朝军队的兵种，大体上蒙古军、探马赤军以骑兵为主，汉军和新附军以步兵为主。炮军和水军人数较少，一部分分编在各种军队中，一部分由炮水手元帅府、水军元帅府、水军万户府掌管。

元代还有一种专门用来随大军出征掳掠财物的人，称为“答剌罕军”或“乾讨虏军”，实际上是一些政府不给粮饷、不入兵籍的所谓“无籍军”，多由无赖侥幸之徒组成。这种人到处掳掠，祸害地方，元廷每每不得不加以约束收编。

军事指挥系统

忽必烈即位之后，为加强中央集权，改变了蒙古国时期大汗，宗王，万户长、千户长等一统到底和都元帅节制汉军的军事领导体制，在中央设立枢密院，作为掌管全国军政的最高机构，地方统军机构几经变化后也基本趋于稳定，形成了一套制度。

.枢密院

枢密院设立于中统四年（）五月，负责调发和管理全国军队、筹划军事部署、铨选武官及为军队提供后勤保障。军队的通信、马政等务，由中书省兵部负责，不归枢密院掌管。

枢密院初设时只置枢密使、副使、佥书枢密事等职，后来增置了同知枢密院事、知枢密院事、同佥书枢密院事等职。皇太子兼枢密使。知枢密院事是枢密院的实际最高长官。知院原设一员，后来增至至余员。成宗朝以后，由皇帝指定一名知院为诸院之长，总管枢密院事务。知院和同知按规定必须由蒙古人或少数色目人充任，副使以下才参用汉人。